Segundo a Internacional Travessias Salvador (ITS), que administra o sistema, o ferry tinha partido de Salvador e seguia rumo a Vera Cruz, na Ilha de Itaparica, quando uma onda de forte intensidade, potencializada pela ação dos ventos, lançou a água no interior da embarcação.

Ainda conforme a concessionária, apesar do susto durante o episódio, a situação foi "prontamente controlada" pela tripulação, que tranquilizou os usuários e manteve a segurança a bordo. Não houve registro de feridos. Mesmo com a água no convés, o Maria Bethânia cumpriu o tempo previsto de viagem

.Após a situação e diante do temporal que deixou o mar agitado na Baía de Todos-os-Santos, a Marinha do Brasil determinou a redução da capacidade de operação do sistema. Com isso, as embarcações disponibilizadas no início do dia foram reduzidas de quatro para duas.